La baleine grise du Pacifique oriental parcourt 12 000 miles chaque année de la mer de Béring en Alaska aux lagons de reproduction de Basse-Californie, passant devant le littoral de San Diego chaque hiver et printemps lors de l'une des plus longues migrations de mammifères de la planète.
Entre mi-décembre et avril, plus de 20 000 baleines grises naviguent dans les lits de varech et les canyons sous-marins à quelques miles du rivage, visibles depuis les points de départ en eau profonde de Mission Bay. Les baleines bleues, les plus grands animaux ayant jamais existé, arrivent pendant les mois d'été lorsque les courants d'upwelling poussent les concentrations de krill dans la fosse de San Diego, une tranchée d'un mile de profondeur qui longe la côte et soutient la plus riche diversité de cétacés sur la côte californienne.
Les billets d'observation des baleines à San Diego donnent accès aux navires au départ de Mission Bay, où le port protégé permet des départs toute l'année, quel que soit le ressac. L'emplacement de la baie entre le canyon sous-marin de La Jolla au nord et l'escarpement de Coronado au sud place les routes d'observation des baleines directement au-dessus des corridors migratoires et des zones d'alimentation utilisées par les baleines grises, baleines bleues, rorquals communs, baleines à bosse, petits rorquals et plusieurs espèces de dauphins. Les naturalistes à bord des bateaux d'expédition suivent les observations en temps réel via des réseaux radio marins, ajustant les itinéraires pour intercepter les groupes et les voyageurs solitaires lorsqu'ils font surface pour respirer. Le plateau continental chute abruptement à moins de trois miles du rivage, créant des zones d'upwelling riches en nutriments qui concentrent les espèces de proies et les prédateurs.
Les protocoles modernes d'observation des baleines à San Diego suivent les directives fédérales établies par la National Oceanic and Atmospheric Administration, maintenant des distances minimales de 100 yards des grandes baleines et 50 yards des dauphins pour éviter toute perturbation comportementale. Les capitaines mettent les moteurs au ralenti lorsque les cétacés s'approchent volontairement, permettant aux dauphins qui surfent sur les vagues et aux curieux baleineaux gris d'inspecter les navires à leur guise. Des hydrophones installés sur certains bateaux d'expédition diffusent des vocalisations sous-marines via des haut-parleurs sur le pont, révélant les clics des dauphins utilisant l'écholocalisation et les gémissements basse fréquence des baleines à fanons communiquant à travers des miles d'eau libre.
La saison des excursions d'observation des baleines à San Diego se divise en deux fenêtres qui se chevauchent. Les baleines grises descendant vers le sud passent entre mi-décembre et février, voyageant à une vitesse de trois à cinq nœuds avec peu d'arrêts. La migration vers le nord de mars à mai amène les mères avec leurs baleineaux nouveau-nés, se déplaçant plus lentement et restant plus près du rivage pour se protéger. La saison des baleines bleues culmine de juin à septembre, lorsque les adultes et leurs baleineaux se nourrissent dans les eaux au large, occasionnellement visibles depuis des bateaux s'aventurant à dix ou quinze miles au large. Les dauphins communs, les grands dauphins et les dauphins de Risso habitent les eaux locales toute l'année, apparaissant lors de plus de quatre-vingts pour cent des excursions, quelle que soit la saison.
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